Teme za diplomske naloge

Za dodatne teme se pozanimajte po elektronski pošti ali pa osebno.

Prve tri teme so raziskave dvo-dimenzionalnega Mercedes-Benzovega modela vode

1. MB model vode v utesnjenih sistemih

S pomocjo Monte Carlo simulacije bomo preucevali strukturo in termodinamske lastnosti MB molekul vode v poroznih materialih.

 

2. MB model vode med vzporednima ploscama

S pomocjo teorije gostotnih funkcionalov in Monte Carlo simulacij bomo studirali odvisnost strukture in termodinamicnih lastnosti v odvisnosti od razmika med ploscema.

 

3. MB model vode v krogelnih votlinah

S pomocjo Monte Carlo simulacije bomo preucevali strukturo in termodinamske lastnosti MB molekul vode v krogelnih votlinah razlicnih velikosti.

 

Naslednje tri teme so raziskave dvo-dimenzionalnega sistema Lennard-Jonesovih delcev.

4. Fazni diagram Lennard Jonesovih diskov

S termodinamicno skaling Monte Carlo metodo bomo dolocili fazni diagram Lennard-Jonesovih diskov.

 

5. Enacba stanja in fazni diagram Lennard Jonesovih diskov

Razvili bomo analiticno teorijo in izracunali fazni diagram za Lennard-Jonesove diske.

 

6. Termodinamicne lastnosti Lennard-Jonesovih diskov

S pomocjo Monte Carlo simulacije bomo izracunali temperaturno odvisnost termodinamskih kolicin (cp, cv, kapa, alfa, struktura) ter odvisnost od tlaka.

 

7. Interakcije aromatskih obrocev s polioksidi

Obravnavali bomo interakcije benzenovega obroca in nekaterih drugih ciklicnih ogljikovodikov z molekulami substituiranih in nesubstituiranih polioksidov: vode, peroksida in trioksida. Osnova interakcij so vecinoma pi-vodikove vezi, ki nastanejo kot sodelovanje protona z elektronegativnin atomom na eni in pi-elektronskim oblakom na drugi strani vodikove vezi. V biolosko zanimivih molekulah je taksnih neveznih interakcij praviloma precej in so kljub svoji relativni sibkosti zelo pomembne. Rezultati racunov naj bi pomagale razloziti naravo zapletenih interakcij znotraj biolskih molekul ter tudi med posameznimi molekulami.

 

8. Parske porazdelitvene funkcije aminokislin

Iz eksperimentalnih podatkov o strukturah aminokislin bomo dolocili parske porazdelitvene funkcije za pare aminokislin. To je prvi korak k razvoju "coarse-grained" potenciala med aminokislinami.

 

9. Strukturne in termodinamicne lastnosti dvodimenzionalnih diplov

S pomocjo Monte Carlo simulacije bomo preucevali strukturo in termodinamske lastnosti.

 

10. Strukturne in termodinamicne lastnosti dvodimenzionalnega elektrolita

Polielektroliti in bioloske molekule kot DNA lahko racunsko obravnavamo kot dvodimenzionalen elektrolit. S pomocjo Monte Carlo simulacije in integralskih enacb v HNC priblizku bomo za klasicen dvodimenzionalni Coulombski plin preucevali strukturo in termodinamske lastnosti nad kriticno temperaturo Kosterlitz-Thoulessovega faznega prehoda.